Nach Abschluss der Vorbehandlungsphase schließt sich die sogenannte "Full Mouth Disinfection " (FMD) an. Dies ist ein nicht-chirurgisches Behandlungsverfahren zur Therapie der entzündlichen Parodontitis. Mit grazilen Hand- und ultraschallbetriebenen Instrumenten werden die Zahnwurzeloberflächen von den dort in einem sogenannten "Biofilm" abgelagerten Bakterien befreit. Darüber hinaus werden auch die Schleimhäute der Mundhöhle und die Zunge gereinigt. Bei manchen Patienten kann es indiziert sein, im zeitlichen Zusammenhang Antibiotika zu verordnen.

Reevaluation
Einige Wochen nach dieser Behandlung wird eine Kontrollmessung durchgeführt, die Aufschluss darüber gibt, ob mit der Full Mouth Disinfection ein Ergebnis erzielt werden konnte, das mittels regelmäßigen unterstützenden parodontal-therapeutischen Terminen (UPT) stabil gehalten werden kann, oder ob es sinnvoll erscheint, parodontal-chirurgische Maßnahmen anzuschließen.